Die Notwendigkeit einer nachhaltigen Aquakultur hat die Forschung zur Verwendung von Probiotika bei Wasserorganismen gefördert. Das anfängliche Interesse konzentrierte sich auf ihre Verwendung als Wachstumsförderer und zur Verbesserung der Gesundheit der Tiere. Es wurden jedoch neue Bereiche entdeckt, wie beispielsweise ihre Auswirkungen auf die Fortpflanzung oder Stresstoleranz, obwohl dies einer wissenschaftlicheren Entwicklung bedarf.

Das Wachstum der Aquakultur als Industrie hat sich in den letzten Jahrzehnten beschleunigt; dies hat zu Umweltschäden und geringer Produktivität verschiedener Nutzpflanzen geführt. Der Bedarf an erhöhter Krankheitsresistenz, Wachstum von Wasserorganismen und Futtereffizienz hat zur Verwendung von Probiotika in der Aquakultur geführt. Die erste Anwendung von Probiotika erfolgte 1986, um ihre Fähigkeit zu testen, das Wachstum von Hydrobionten (im Wasser lebende Organismen) zu steigern. Später wurden Probiotika verwendet, um die Wasserqualität zu verbessern und bakterielle Infektionen zu kontrollieren. Heute gibt es dokumentierte Beweise dafür, dass Probiotika die Verdaulichkeit von Nährstoffen verbessern, die Stresstoleranz erhöhen und die Fortpflanzung fördern können.